Los proyectos del PNUD son ejecutados nacionalmente. Las contrapartes nacionales que ejecutan los proyectos son responsables de proveer información oportuna y confiable sobre el avance de los proyectos que implementan.

El Representante Residente  del PNUD es responsable de la gestión y del logro exitoso de los resultados del mismo. Por medio de la gestión del ciclo de vida del programa, la función del Representante Residente es evaluar si el progreso en la forma de intervenciones al proyecto continúa satisfaciendo los resultados del programa a través de la consecución de los mismos según lo esperado, por medio de una gestión eficiente y eficaz de los recursos. La monitorización de las interdependencias entre proyectos y los cambios de gestión al interior de los mismos y entre ellos constituye un área de interés fundamental para el cumplimiento de la mencionada función. El Representante Residente del PNUD cumple el papel de Gerente del Programa y puede asignar dicha función a otros directores superiores del PNUD, según se requiera.

La Autoridad de Coordinación Nacional, es ejercida por la  Cancillería del Ministerio de Relaciones Exteriores, a través de la cual se ponen en marcha las actividades del PNUD. Este Organismo es responsable de definir, evaluar y monitorizar los logros del programa con respecto a sus resultados a nivel de país. Dicha entidad trabaja muy estrechamente con el Representante Residente del PNUD, con el fin de asegurar que el plan del programa incluya los aspectos necesarios requeridos para lograr los resultados esperados e identifique los proyectos que contribuirán claramente al cumplimiento de los beneficios y a la consecución de dichos resultados.