Las contrapartes principales de los proyectos de PNUD son instituciones del Gobierno nacional o local. Cuando es apropiado, el PNUD realiza un diagnóstico de las capacidades de las instituciones de Gobierno para incluir medidas que aseguren el desarrollo de capacidades nacionales y garanticen las sostenibilidad de los proyectos.

Sin embargo, el PNUD puede optar que la implementación de algunos proyectos esté a cargo de ONGs o instituciones académicas en aquellos proyectos que impliquen un intenso trabajo de campo e interacción con grupos vulnerables y organizaciones de base; cuando se necesite de contrapartes con competencias específicas y ventajas comparativas en el manejo de métodos participativos o de investigación; y cuando se considere que la implementación de ONGs ofrezca oportunidades de fortalecer el diálogo entre gobierno y sociedad civil. El PNUD evalúa las capacidades de las ONGs que implementen proyectos previamente a su aprobación, para asegurar que tengan las capacidades necesarias para la implementación.

Asimismo, el PNUD implementa directamente proyectos en las siguientes circunstancias:

• Situaciones de crisis, específicamente en los proyectos que se implementan como respuesta a desastre  de cualquier origen, al considerar que la implementación directa del PNUD permita una respuesta más rápida a la crisis.
• Proyectos sensibles políticamente, en los cuales la imparcialidad del PNUD confiere mayor credibilidad para la consecución de los resultados, específicamente en los proyectos de construcción de diálogo y consenso en el ámbito de la gobernabilidad democrática.
• Proyectos que apuntan a crear conocimiento o asesoría sobre políticas basadas en las competencias específicas del PNUD, específicamente con referencia a los Informes de Desarrollo Humano.

En todos los casos en los cuales se opta por la implementación directa de actividades por parte del PNUD, se toman en consideración los principios de accountability y construcción de capacidades nacionales.

Finalmente, como parte de los esfuerzos para implementar el  Marco de Asitencia de Naciones Unidas para el Desarrollo de una forma coordinada y maximizar el impacto del Sistema de las Naciones Unidas en el país, PNUD participa en la formulación, implementación, monitoreo y evaluación de proyectos conjuntos con otras agencias del sistema de Naciones Unidas. Siendo los temas prioritarios que se han identificado para la programación conjunta:

• Seguridad Ciudadana.
  
• Promoción de los ODM.
• VIH/SIDA.
• Gestión de riesgo.
• Gestión de conocimiento.